Mansonék elkötelezett hívei az 1998-as év első felében begyüjthették a Dead To The World műsoros videot is, Long Hard Road Out Of Hell címmel Manson autobiográfiáját, de igazából egy új album után epedtek, s ezt nem is nagyon titkolták. Némileg megkönnyebbülve lélegeztek fel, mikor tudomásukra jutott, hogy kedvenceik nekiálltak az Antichrist Superstar folytatásának. Ám ezt nem akárhogyan tették: Trent Reznor segédlete nélkül, új producerrel, új városban, mellesleg olyan hangzással kísérleteztek, amilyennel még azelőtt soha. Az anyagot Manson házában vették fel, ahol állandóan történt valami emlékezetes. Egyszer fekete háttérénekesnőket, meg két pornósztárt hívtak vokálozni. Azután a stúdiómunka nélkülözhetetlen kellékének számítottak a különböző kábítószerek is, ezt már megszokhattuk, de a srácok mégiscsak visszafogták magukat ebből a szempontból. „A droghasználat ennek az albumnak a készítése közben sokkal vidámabb, mulatságosabb volt, mint a legutóbbi anyag felvételeikor. Az Antichrist Superstar rögzítésekor az egész jóval fájdalmasabbnak hatott. Mindenki a drogok hatása alatt állt, s ez vicces dolog. Ezúttal inkább pozitív volt minden, ennek ellenére aktuális számaink szövegileg sötétebbek.”- állapította meg a basszeros. Manson szerint: „Ez inkább egy rock album, nem igazán terveztük poposra, de a dalok inkább íródtak a rock ’n’ roll tradíciójában. Olyan Beatles, Rolling Stones, David Bowie stílusban. Egy csomó különféle érzelmet reprezentál, így a hangzása is eléggé változatos lett.” Az anyagot befejezvén Marilyn Manson folytatta a munkát. A Dead Man On Campus filmzenealbumon két szám is szerepelt tőlük, a Golden Years és az I Only Want To Be With You, amit Twiggy énekelt az eredeti Twiggyvel. Szeptember 10-én egy váratlan meglepetés sokkolta a Spookysokat, nevezetesen felléptek az 1998-as MTV Music Awardson, a Backstreet Boys-szal, Madonnával egy szímpadon ( no comment…). Öt nappal később a rajongók beszerezhették a társaság harmadik albumát, a Mechanical Animalst, melyen Manson az Omega szerepét vállalta magára. „Az Omega név, utalás a végső fejezetre ebben a történetben, ami az Antikrisztussal kezdődött. Ez utalás tehát a végre, de nem feltétlenül a karrierem végére.”

Marilyn Manson a Mechanical Animals hatására gótikus horror sztárból glam rock Isten lett. Egy hét alatt negyedmillió példány talált gazdára belőle, a fogadtatása azonban mégsem volt elragadtató, mivel rengetegen negatívan álltak a zenei téren bekövetkezett lágyuláshoz. „ A legutóbbi lemezünk sokkal keményebb volt, de nem csinálhatjuk újra és újra ugyanazt. Eljött az idő, hogy kitaláljunk valami újat.”-tette hozzá Twiggy. Ennek az újításnak az első lépése az volt, hogy hivatalosan július közepén bejelentették: lecserélik gitárosukat, Zim Zumot. Zim posztját a John 5 művésznévre hallgató John Lowery töltötte be. A Mechanical Animals-en ugyan még nem szerepelt, de a koncerteken már ő is a könyörtelen kritikusok célpontjává vált társai révén.

1998. október 12-én bemutatták a The Dope Show című dalukra készült videoklipet. Közben a zenekarvezető gondoskodott arról, hogy a pletykalapok is folyamatosan foglalkozzanak vele. Egy alkalommal szétrombolt egy hotelt, meg egy koncerttermet. A csapat indításképpen felgyújtotta az öltöző szőnyegét, a fürdőt pedig összemocskolták hajfestékkel. „Senkitől sem kaptam drogot, ez dühített így fel. Az emberek tanulhatnak az esetből, vagyis, ha kábítószert kérek, jobb, ha adnak, különben ez fog történni…”. A bandát 1998 novemberében jelölték az Europian Music Awards-on a Legjobb Rock Videó díjáért, és nyert két díjat legjobb videóklippért, valamint egy ’Maximum Version Award’-ot a The Dope Show-ért.

A Mechanical Animals Tour októberben indult, időnként szakításokkal. 1999 január 31-én a szokásosnál is hevesebb indulatokat váltottak ki. Ugyanis a közönség egy része nem csak sértő bekiabálásokkal adott hangot nemtetszésének, hanem műanyag flakonok, petárdák dobálásával is kifejezte véleményét. Manson nem tűrte sokáig a durva kritikát, elküldte a kurva annyukba a rajongókat, majd elmenekült a színpadról. A helyzet erre elmérgesedett, verekedés tört ki, amelynek 400 sérültje lett. Piacra dobták az albumukhoz tartozó második kislemezt is, az I Don’t Like The Drugs (but the drugs like me)-t, és az ahhoz forgatott videoklipet. Nemsokára a koncertsorozat a Rock Is Dead Tour elnevezést kapta. Los Angelesben Mansont baleset érte, amikor az emelvény bal oldalán két láb magasból lezuhant és elvesztette az eszméletét.

1999 áprilisában történt a híres Columine Főiskolai mészárlás, melynek 12 tanuló, több tanár és maga a két gyilkos is áldozatul esett. Manson-t innentől kezdve még hevesebben támadták, meggyanúsították, hogy az ő zenéje hatásának is köszönhető, hogy ilyen esetek történnek. Manson a következőt nyilatkozta: „Ez tragikus, és elképesztő, amikor fiatal életek lesznek az értelmetlen erőszak áldozatai. Őszinte részvétem a tanulóknak és a családtagoknak.” Ezt Manson később bővebben is kifejtette. Manson májusban 5 koncertet visszamondott, és írt egy cikket a Rolling Stone magazinnak a Colummbine-i vérengzésről. Fontos megjegyezni, hogy Harris és Klebold, a két neofasiszta elkövető - akik miután végeztek az áldozatokkal magukkal is végeztek – egyáltalán nem szerette Marilyn Manson zenéjét, tehát amivel Manson-t megvádolták, teljességgel alaptalan. A két elkövető a „Viharkabát Maffia” elnevezésű újfasiszta csoport tagjai voltak, főként feketékkel és jó sportolókkal végeztek. Egy részlet a cikkből: „…Sokan elfelejtik és nem ébrednek a tudatára annak, hogy a kétségbeesés illetve a hipokrízis kritikájaként indítottam a zenekaromat. A Marilyn Manson név sohasem népszerűsítette azt a szomorú tényt, hogy Amerika a Time magazin címlapjára tette a gyilkosokat, és olyan hírhedtte változtassa őket, mint a kedvenc filmcsillagjainkat. Jesse James-től Charles Mansonig a média a bűnözőket nemzeti hősökké nemesítette. Ezt tették, kreáltak két újabb ilyen ’hőst’ abból a szaros Dylan Kleboldból meg Eric Harrisből, amikor a fényképeiket az összes újság elejére benyomták. Ne lepődjön meg senki, ha a hányatott sorsú fiatalok őket nevezik ki majd két új bálványuknak…”. Manson nemsokra rá egy portrét is festett a két gyilkosról…

Március 30-án került a boltokba a The Matrix filmzenealbuma, a banda Rock is Dead dalával, majd elkészítették a Coma White klipjét is, mely felevenítette a Kennedy gyilkosságot, és a klip megjelenésének időpontja megegyezik John Kennedy, Jr. Halálának dátumával. A The Dope Show klipjét az MTV Video Music Awards-on a legjobb filmkészítésért járó díjra is jelölték. Októberben Mansont az MTV Europe Music Awards Legjobb Rock Előadó díjára jelölték. Novemberben megjelent a banda első koncertalbuma, a The Last Tour On Earth és a God Is In The TV videokazetta is. 2000-ben jelent meg az Astonishing Panorama of the Endtimes klipje…